Les universités du Moyen-Âge, bien qu’ayant subi de nombreuses réformes au cours des siècles depuis leur apparition, étaient remarquablement similaires aux institutions modernes, car elles possédaient un corps étudiant, des enseignants, un recteur et du personnel. Là où ils diffèrent, c’est dans le degré d’indépendance et d’autonomie : le gouvernement de l’université est un gouvernement représentatif. L’Université de Franche-Comté était, à l’instar de ses prédécesseurs, un corps libre ayant son chef, ses officiers, son budget, sa justice, s’administrant, se gouvernant par ses propres lois, ou réformant ses statuts. Le sens communautaire de l’université est solidifié par la façon dont elle « parle » dans les textes, commençant ou se terminant au nom « du recteur, des docteurs, des régents, du suppôt, des étudiants ».
Le recteur, ancêtre des directeurs
L’organisation structurelle de l’université était calquée sur celle de ses prédécesseurs. Le chef de l’Université portait le nom de recteur, que l’on trouve, dès l’époque romaine, pour désigner le chef d’une corporation, le gouverneur d’une province, le podestat dans les villes italiennes du Moyen Âge, etc. Le recteur représentait le Université en tant que société. Il était secondé par les personnes en charge de l’administration, qui avaient la lourde tâche de gérer les finances, de recruter les professeurs, d’entretenir les bâtiments, etc. Sa présence était jugée si essentielle au sein de l’école qu’il lui était interdit de s’absenter plus d’un an. mois sans motif légitime, et pour le même motif, d’exercer la profession d’avocat ou de procureur. Il avait la garde du sceau, la présidence de toutes les solennités universitaires, des assemblées générales et des actes scolaires, et la préséance sur les évêques, côte à côte avec le chef du parlement.
L’influence des étudiants
Les étudiants avaient une plus grande influence que dans les autres universités sur son fonctionnement. A Dole, les étudiants participent, dans une certaine limite, à l’administration. Non seulement ils élisent au suffrage direct les procureurs et conseillers de l’université, mais les décisions importantes prises par le collège, c’est-à-dire par le grand conseil, doivent être soumises à leur approbation. Les étudiants issus de la noblesse avaient plus de pouvoir parmi leurs pairs car ils pouvaient participer aux discussions plutôt que de simplement voter sur les décisions prises. De plus, le recteur pourrait être un étudiant, certaines conditions empêchant quiconque d’être élu, comme être âgé d’au moins 25 ans, être issu d’un syndicat légitime et dépendre financièrement de l’université.
Les membres moins connus
Du côté du personnel, les répartiteurs s’occupaient de l’administration côté financement, avec le recrutement des professeurs, les frais variés comme les ambassades, l’entretien des locaux, etc. Le bedeau, allait chaque matin prendre les instructions du recteur dans sa résidence, le précédait dans les cérémonies publiques, une masse d’argent ou une verge verte à la main, indiquait à chacun sa place dans les cortèges et dans les examens, publiait le jour des disputes, l’ordre des questions et des sujets qui y seraient traités, avertissait les étudiants par des affiches du début et de la fin des vacances, des jours fériés, de l’ouverture des cours extraordinaires, de l’arrivée des professeurs étrangers, etc. Un secrétaire, nommé par le collège, était chargé de rédiger, sous la direction du recteur, les délibérations du conseil et des assemblées générales, d’expédier les diplômes, de rédiger et de contresigner les lettres d’ordre, les horaires du directeur de l’université, etc. L’université avait enfin un sonneur de cloches, qui annonçait les lectures et autres actes publics par le son de la cloche.
